年中,多位点序列分型(MLST)已被证明可用于细菌的分子分型
管家基因),这些基因使用Sanger技术进行测序。为每个
的唯一序列分配了等位基因编号,并根据它们的等位基因图谱(这是七个等位基因编号的组合)确定了细菌菌株。
随着二代测序技术提供了快速、经济高效的细菌基因组测序方法,并逐渐取代了
测序技术,传统的MLST可以扩展到全基因组MLST(wgMLST)。由于在wgMLST中考虑了更多的
缺失或多个位置的插入被视为单个进化事件。与仅考虑点突变的方法相比,该方法在生物学上可能更相关。
在缺乏合适的自动化工具的情况下,为数千个
维持一致的等位基因分配将是一项艰巨的任务。为此,
工具,可为任何选择的生物体建立和维护wgMLST
尽管只有少数人可以访问特定于生物体的参考数据库,但大多数用户仅需要
使用不基于拼接的方法,即直接从序列的原始reads
和更高版本的BioNumerics中,可以在外部计算引擎上执行
您可以在几乎免安装的按使用量付费的云解决方案(例如通过Amazon)或本地
发布到计算引擎上,并检索这些计算的结果(包括用于质量控制的参数)。只有wgMLST等位基因
作为字符集存储在BioNumerics数据库中,从而形成了一个轻量级且响应迅速的菌株数据库。
例如, 核心基因组MLST(cMLST),核糖体MLST(rMLST)等
及更高版本中的字符视图提供了一种灵活的工具,可以选择用于软件中存在的
专线:010-53639817 53639871
比利时Applied-Maths Bionumerics、比利时Bionumerics
生物信息分析软件、BioNumerics生物分析软件、BN分析软件、PFGE分析软件、Bionumerics软件7
显示icon去掉 w-icon-hide 该类即可--
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北京市海淀区农大南路88号1号楼一层1160室
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